Marko Perković Thompson svoj privatan život pokušava držati u najstrožoj tajnosti, a posljednje dvije godine puno pozornosti javnosti privukao je nakon što se saznalo da mu je sin Ante Mihael teško bolestan. Thompson ima petoro djece, a dobio ih je u braku sa samozatajnom Sandrom Perković.

Marko i Sandra u braku su od 2003. godine, a ona izbjegava medije i rijetko se pojavljuje u javnosti. O Sandri je poznato da je Kanađanka hrvatskih korijena i da je Marka upoznala na njegovu koncertu u Kanadi, pet godina nakon što se on razveo od pjevačice Danijele Martinović, javlja Dnevnik.hr.

Kako bi Sandru odveo pred oltar, Thompson je morao zatražiti crkveno poništenje braka s Danijelom, a nakon što mu je prvi zahtjev odbijen, uputio je i drugi, koji je prihvaćen. Međubiskupijski crkveni sud u Splitu poništio je brak Danijele i Thompsona 2005. godine. Tri godine nakon sklapanja civilnog braka Marko i Sandra vjenčali su se u crkvi sv. Ilije u Kljacima nedaleko od Čavoglava, i to točno na Dan zaljubljenih 2006.

Prvo dijete, sina Šimuna, dobili su 2003., dvije godine kasnije stigao im je i Ante, zatim su 2007. dobili kćer Divu, a 2010. blizanke Katarinu i Cvitu.